平行志愿的投档原则是“分数优先，遵循志愿，一轮投档”。即对同一批次线上未被录取的考生按成绩从高分到低分排序进行一次性投档。本科平行投档时根据考生所填报志愿院校顺序，投档到排序在前且有计划余额的高校。

比如，某考生所报志愿为A、B、C、D等几所院校，投档时，批次线上考生先按分数大排队，然后由计算机逐一检索考生志愿，如果符合A校投档条件且A校有计划余额时，则投档到A校；如果不符合A校的投档条件，则检索B校，若符合投档条件且B校有计划余额时，则投档到B校，若不符合，继续检索，直至考生所填志愿院校检索完毕。

档案一旦投出，即不再检索该生其它志愿，从而完成对该考生的投档。然后开始检索下一名考生，依此类推，直到完成本批次排序最后一名考生的投档。